VILLUM FONDEN og VELUX FONDEN har hver sin bestyrelse, hver sin fundats og et fælles sekretariat.

Fondenes fælles sekretariat danner rammen om ledelsen i de to fonde, specialisterne indenfor de forskellige uddelingsområder og stabsfunktionerne.

Sekretariatet ligger i Søborg og har omkring 45 medarbejdere.